Озеро лежит на пути Восточно-Африканской зоны разломов — одного из величайших геологических явлений на Земле. В частности, Восточный разлом начинается от самого озера и тянется на север почти на 2500 км, из Танзании через Кению в Эфиопию, к участку, известному под названием Афарский Треугольник, представляющему собой область вулканических пород и частых землетрясений.
В настоящее время в районе озера Виктория вулканическая активность проявляется с западной стороны — в горах Вирунга в Юго-Западной Уганде, и в Северной Танзании — к востоку. В Танзании находится Ленгаи, единственный действующий карбонатитный вулкан, чья лава подобна вулканическому известняку, приобретающему через 24 часа после извержения цвет талого снега.
Другая важная черта Африканского разлома — прерывистая линия озер, пролегающих по дну долины. Три самых больших озера Африки — Викторию, Танганьику, Ньясу — называют великими африканскими озерами. Площадь озера Виктория составляет более 68 тыс. кв. км, что равняется территории двух европейских стран — Бельгии и Нидерландов, вместе взятых. Средняя глубина — около 40 м, максимальная — 80 м. В отличие от глубоководных соседей — Танганьики и Ньясы, которые лежат в пределах системы разломов, — озеро Виктория заполняет мелкую впадину между восточной и западной сторонами рифтовой долины.
Водоем получает огромное количество осадков во время сезонных дождей, что превышает объем воды, доставляемой всеми его притоками. Форма озера Виктория близка к четырехугольной, но берега сильно изрезаны, образуя многочисленные выступы и заливы. Общая длина береговой линии превышает 7 тыс. км. Некоторые географы в шутку сравнивают очертания Африканского материка с головой лошади, пьющей воду из Индийского океана, а озеро Виктория соответствует голубому глазу этой головы.
В географическом отношении озеро Виктория лежит на высоте 1134 м над уровнем моря в прогибе древних кристаллических пород Восточно-Африканской платформы в окружении плоских или слабо всхолмленных равнин. Поверхность их большей частью очень полого понижается к озеру и плавно уходит под воду. Поэтому берега Виктории преимущественно низкие и плоские, часто заболоченные. Высокие обрывистые берега характерны, главным образом, для западного и восточного побережий.
В водах озера водится огромное количество крокодилов, а также здесь до сих пор живет рыба ланг, жившая здесь 300 млн. лет назад. Она может вдыхать и задерживать воздух в жабрах, как в легких. Эта редчайшая рыба является связующим звеном между обычными рыбами и наземными животными. На территории озера находятся знаменитые заповедники и Национальные парки. Наиболее интересен Национальный парк острова Рубондо, на территории которого посетителям запрещено перемещаться на машинах в целях сохранения первозданной окружающей среды. Невероятное богатство фауны позволяет во время пеших прогулок увидеть животных с очень близкого расстояния.
На хорошо увлажненных северных и южных берегах простираются папирусовые болота и отдельные участки густых экваториальных лесов; встречаются также поля хлопчатника, банановые рощи, плантации кофейного дерева. На юге и на востоке, где климат засушлив, преобладают саванны, поросшие канделябровидными гигантскими молочаями. Они, подобно кактусам, относятся к суккулентам и способны хорошо переносить засуху, накапливая влагу в толстых стеблях со специфической водоносной тканью.
У самых берегов озера произрастают 15-метровые экземпляры кегели эфиопской, называемой также «колбасным деревом» из-за необычных плодов, действительно напоминающих батоны докторской колбасы. Эти невероятные плоды диаметром 10 см имеют длину около полуметра и весят 5-8 кг. Буроватые в зрелом состоянии, они беспорядочно свешиваются вниз на длинных одеревенелых «шпагатах» плодоножек, таких крепких, что на них можно раскачиваться как на качелях.
Несмотря на аппетитный вид, деревянные «колбаски» совершенно непригодны для еды, а разрубить их под силу разве что топору дровосека. Диковинные плоды могут висеть на дереве месяцами, медленно увеличиваясь в размере и вызревая до нужной кондиции. Иногда их поедают жирафы и гиппопотамы. Раскидистая крона кегели дает густую тень всем живым существам.
На озере, как на море, бывают приливы и отливы, причем местные жители объясняют это весьма своеобразно. По их мнению, в озере очень много бегемотов, и утром, когда эти массивные животные решают принять ванну, вода выходит из берегов, а вечером, когда купание сменяется пастьбой, уровень воды опять становится низким.
Озеро Виктория играет большую роль в водном режиме Нила, равномерно пополняясь водой в течение всего года за счет постоянных дождей и таким образом стабилизируя реку. Кроме того, это крупное озеро обладает большими возможностями для судоходства: широкая водная гладь, много защищенных заливов и бухт. Но следует учитывать серьезные природные помехи: во время ураганов на озере поднимаются сильнейшие штормы с громадными волнами, которые угрожают даже большим судам.